Проблема:

Почему не рекомендуется в Справочниках менять Код клиента (Товара), хотя сама система позволяет это сделать. Что произойдет если его все-таки изменить?

Решение:

Код Товара (Клиента) необходим только для удобства работы оператора, или торгового оборудования. А вот внутри Базы Данных системы для определения Товара (Клиента) используется совсем другой идентификатор, недоступный для изменения.
Как следствие, изменение Кода у Товара(Клиента) ничем не повредит. Ведь внутренний идентификатора в Базе остался тем-же и система всегда найдет Товар по его внутреннему идентификатору.
Другое дело если в системе используется обмен данными (репликация) с POS-ми, или с другой Системой. В этом случае Код товара (Клиента) используется в передаче данных при процессе обмена между разными Базами Данных . Как следствие, если изменить Код Товара (Клиента) в одной системе, а потом реплецировать его в другую, то Система-приемник просто не "узнает" товар по его Новому Коду. В результате - принять информацию о товаре становиться невозможным, возникает рассинхронизация данных между системами.
Мы не рекомендуем без крайней необходимости изменять Коды Товаров или Клиентов в системах, в которых используются репликация.. Если же такая необходимость возникла, или уже наступила рассинхронизация Баз Данных, следует как можно быстрее обратиться в службу поддержки.