При проведении Приходных документов система просматривает все товары с минусовыми остатками для того, чтобы пополнить их количества из числа соответствующих товаров в проводимом документе. 

Как следствие - чем больше в системе накоплено товаров с минусовыми остатками, тем медленнее будут проводиться приходные документы.